مسابقه المپیاد علوم نوجوانان IJSO در ایران به منظور انتخاب تیم اعزامی به مسابقه بین المللی هر ساله در تابستان انجام می گیرد. از بین شرکت کنندگان در مسابقه ۶ نفر انتخاب شده وپس از طی یک دوره کارگاه آمادگی به مسابقه بین المللی IJSO اعزام می شوند

اولین دوره حضور ایران در در کشور اندونزی در سال ۲۰۰۴ بود و به دنبال آن از سال های ۲۰۰۸ به بعد هر ساله تیم ایران در این المپیاد حضور رسمی یافته است که منجر به کسب مدال های نقره و برنز گردیده است.

المپیاد شامل سه بخش است که در سه روز با فواصل یک روزه برگزار می شود. مسابقه در این سه روز بین سه تا چهار ساعت در روز به طول می انجامد. شامل سه بخش تستی، تشریحی و عملی است.

در بخش تستی، در هر یک از مباحث فیزیک، شیمی و زیست شناسی دانش آموزان به۱۰ سوال پاسخ می دهند که جمعاً شامل سی سوال می باشد.

در بخش تشریحی سوالات به صورت ترکیبی از مفاهیم فیزیک، شیمی و زیست می باشد و برای حل آنها نیاز به تسلط در هر یک از این علوم و ترکیب دانش بین آنها لازم است.

بخش سوم شامل آزمایش و تشریح در این سه مبحث علمی است و کار در قالب دو گروه شدن اعضای تیم انجام می گیرد.  در این قسمت امتیاز تیمی به هر یک از اعضای تیم نیز داده می شود. ماکزیمم امتیازی که به هر قسمت تعلق می گیرد به ترتیب زیر است: بخش اول: ۳۰ امتیاز بخش دوم : ۳۰ امتیاز بخش سوم: ۴۰ امتیاز

در فواصل بین روزهای مسابقات دانش آموزان در مباحث علمی و بازدید از مناطق مختلف که برای آنها تدارک داده می شود، شرکت می کنند.